核酸的分离纯化是获得目的基因及载体DNA 片段的基本途径，分离的好坏直接决定了核酸样品的质量。
核酸分离纯化总的原则是要保证核酸一级结构的完整性，防止降解，同时要排除其他分子的污染。因为一级结构是核酸分子最基本的结构，储存着全部的遗传信息，是进一步研究的基础。为了保持核酸的完整性，在提取过程中要注意防止核酸酶对核酸的降解。还要防止化学因素(酸碱等)和物理因素(高温或机械剪切等)引起核酸变性或破坏。制备RNA 要特别注意防止核酸酶的作用，因为核酸酶分布很广，活力很高；而对DNA 更重要的是防止张力剪切作用，因为DNA 分子特别长，容易断裂。
对于核酸的纯化应达到以下三点要求：
①核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子；
②其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度；
③排除其他核酸分子的污染，如提取 DNA 分子时，应去除RNA 分子，反之亦然。
