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从gb文件中提取基因与间隔区的序列(fasta文件)
2024-11-14 11:21  浏览:1767  搜索引擎搜索“手机奥展网”
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脚本:get_annotated_regions_from_gb.py
作用:将gb文件(氨基酸序列)转化为gene与intergene两个fasta文件(碱基序列)。
特性:该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取(例如从ncbi批量下载得到的gb),gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。

python get_annotated_regions_from_gb.py NC_047400.gb NC_047400.gb NC_047400.gb \ -o legume.cds -t CDS --mix


Gene sequence




Intergene sequence




多物种基因提取


参考资料:
How to assemble a target organelle genome using my own reference?

发布人:48f0****    IP:124.223.189***     举报/删稿
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