此前，我们为大家深度剖析了一篇转录组领域的高分佳作（科研无高低贵贱之分，转录组也能上大分！），文章一经推出，引起了大家的广泛关注，足见转录组测序在当下科研版图中依旧热度不减、备受瞩目。应大家的热情期待，小编不敢有丝毫懈怠，马不停蹄地梳理了几篇转录组文章，精心整合了其中的精华要点，旨在为诸位呈上明晰且独具匠心的转录组发文思路。现在，就让我们一同开启这场干货满满的学习之旅吧！
1 文章一
缺血性心脏病（IHD）是世界范围内导致死亡和残疾的主要原因，冠状动脉血运重建术是IHD的主要治疗策略，但它也会导致心脏缺血再灌注（Ischemia/reperfusion, I/R）损伤。缺血再灌注损伤是急性心肌梗死再灌注治疗的一个重要并发症，极大地影响了心脏血运重建的益处，然而，对心脏I/R损伤的特异性和有效治疗仍然缺乏。Isthmin-1 （ISM1）是一种新型的脂肪因子，而ISM1在调节糖脂代谢和细胞存活中起着不可或缺的作用。本研究旨在研究ISM1在心脏I/R损伤中的潜在作用和分子机制。
研究思路
研究结论
RNA - seq 分析显示 ISM1 过表达显著调节 I/R 应激心脏中的 cGMP - PKG 信号通路；心脏特异性 ISM1 过表达有效激活 PKG，表现为 VASP 磷酸化增加和 PKG 活性增强；抑制 PKG 可消除 ISM1 过表达对心脏 I/R 损伤的保护作用，沉默 PKG 也能废除 ISM1 过表达介导的细胞活力增加和 LDH 释放减少等保护作用，表明 ISM1 以 PKG 依赖的方式改善心脏 I/R 损伤。本研究证实了ISM1可通过cGMP-PKG信号通路对心脏I/R损伤起到保护作用，是心脏I/R损伤的治疗和预测靶点。
2 文章二
肿瘤浸润性 T 细胞常处于耗竭或功能失调状态，限制了抗肿瘤免疫。其中具有祖细胞或干细胞样特征的 TCF1+ CD8+ T 细胞在免疫治疗中有重要作用，但 TCF1 的调控机制尚不清楚。临床数据显示，高体重指数（BMI）与免疫治疗结果相关，但其增强抗肿瘤免疫的机制不明。低密度脂蛋白（LDL）与高脂肪饮食诱导的肥胖相关，本研究旨在探究其对 CD8+ T 细胞的影响及潜在机制。
研究思路
研究结论
RNA-seq 数据显示 MAPK13 抑制会损害 LDL 诱导的 T 细胞重编程，许多基因如 CCR2、CCR7、CCR8、IL - 22、GZMB 和 TNFRSFs 表达上调，MAPK、AKT 和 cAMP 信号通路受损，表明 LRP11 - MAPK13 轴诱导 T 细胞重编程。本研究证实了LRP11 作为膜受体，可感知细胞外信号激活 TCF1，LRP11 - MAPK13 - TCF1 轴增强抗肿瘤免疫，诱导肿瘤浸润干细胞样 T 细胞产生，为肿瘤免疫治疗提供了新的靶点和思路。
3 文章三
甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物之一。选育花色油菜可大大提高油菜的观赏价值，从而提高了油菜种植的经济效益。花青素是水溶性类黄酮次生代谢产物，对植物花瓣中色素的合成和积累起着重要作用，使花瓣具有广泛的鲜艳色彩。尽管甘蓝型油菜有60多种不同的花色，但其花色变化的复杂性仍然难以捉摸。特别是不同颜色背景下的颜色发展机制需要进一步的全面研究。本研究通过转录组和代谢组分析的整合进行了全面的探索，以确定支撑一系列花朵颜色的关键基因和代谢物。
研究思路
研究结论
RNA-seq结果强调了花瓣中结构基因F3H和UGT以及MYB75， GL3和TTG1转录调节因子的显著上调，显示花青素积累。通过将这些数据与WGCNA分析相结合，确定了CHS、F3H、MYB75、MYB12和MYB111是推动米红色、橙红色、深橙红色、浅紫色和紫色花瓣花青素合成的关键参与者。通过整合转录组和加权基因共表达网络分析结果与花青素代谢数据，推断MYB75的上调，进而提高F3H的表达，在色素油菜花的发育中起关键作用。这些发现有助于了解甘蓝型油菜花青素合成的转录调控，为选育花色新品种提供宝贵的遗传资源。
转录组结果展示
图1 共表达分析
图2 火山图、差异基因热图、富集气泡图
本期内容至此已近尾声，衷心期望我们对文章的深入解读，宛如一把钥匙，能够开启各位老师在转录组测序思路设计与数据挖掘领域的创新之门，激荡起全新的思维火花。倘若您在数据层面存有疑问，又或是有独到的见解与妙想，我们热忱欢迎您移步评论区，大家一起交流学习。