ProteoWizard MSConvert 质谱文件格式转换 踩坑指南（mac版）
ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，其中 msconvert 是其最为常用的工具之一。msconvert 主要用于质谱数据的格式转换，它支持从多种质谱数据格式转换为其他格式，特别是将原始厂商格式的文件（如 Thermo Fisher 的 .raw 文件）转换为开放格式，如 mzML、mzXML 或 MGF 等。以下是一些关于 msconvert 的关键点：
主要特性
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格式转换：
msconvert支持多种质谱数据格式之间的转换，包括将厂商特定的原始格式转换为通用的、开放的标准格式。 -
数据处理：在转换过程中，
msconvert可以进行一些数据处理步骤，如峰值拾取（peak picking）、去噪、滤波等。 - 灵活性：用户可以通过命令行参数自定义转换过程，选择不同的输出格式和应用各种数据处理选项。
- 兼容性：它广泛支持多家质谱仪生产商的数据格式，包括 Thermo Fisher、Bruker、Waters 等。
使用场景
- 数据共享：转换为开放格式后，数据更容易在不同研究组之间共享，也更容易用于各种质谱分析软件。
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数据分析：某些质谱分析软件可能不支持特定厂商的原始格式，使用
msconvert转换使其与这些工具兼容。 - 数据存档：将数据转换为标准开放格式，有助于长期数据存档和未来的数据重用。
注意事项
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软件安装：
msconvert是 ProteoWizard 软件包的一部分，需要从 ProteoWizard 官网下载并安装。 - 操作系统兼容性：ProteoWizard 支持 Windows、macOS 和 Linux，对Windows比较友好。
- 许可和兼容性：尽管 ProteoWizard 是开源的，某些原始文件格式的读取可能需要遵守相应厂商的许可协议。
MSConvert的Linux版本和mac版本不友好，需要使用docker操作。可惜我使用Windows的MSConvert可视化界面版本一直显示无权限，只能继续用mac
注：mac的M1芯片无法执行，下面为Intel芯片的结果
(1)安装homebrew
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
(3)安装docker
brew install --cask --appdir=/Applications docker
(3)准备文件
将.raw后缀格式的文件放在目录下，我的是 /Users/henson/Desktop/0225/，里面放置了GAST001.raw
(4)执行转换代码，得到的结果会放在输入文件目录中
docker run -it --rm -e WINEDEBUG=-all -v /Users/henson/Desktop/0225/:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert /data/GAST001.raw
其中语句解释如下：
-v /Users/henson/Desktop/0225/:/data: 将本地目录 /Users/henson/Desktop/0225/ 映射到 Docker 容器内的 /data 目录。现在，容器内的 /data 目录包含了您的 GAST001.raw 文件。
wine msconvert /data/GAST001.raw: 这条命令告诉 Docker 容器内的 Wine 环境运行 msconvert 并转换 /data 目录中的 GAST001.raw 文件。
ps：如果是多个输入文件，最后一个参数改为/data/*.raw 即可
